Högskolan i Jönköping är en stiftelsehögskola med tydligt profilerad verksamhet som präglas av entreprenörsanda, internationella relationer och samverkan med näringsliv och samhälle. Högskolan innefattar fyra fackhögskolor och en gemensam serviceorganisation.

Högskolan i Jönköping är ett av tre lärosäten i Sverige som har enskild huvudman och rätt att ge forskarutbildning. Högskolan förfogar över sin egen kapitalbas och åtnjuter större autonomi i det svenska högskolesystemet än de statliga lärosätena. Stiftelsestyrelsen med rektor som dess verkställande ledamot har det övergripande ansvaret för Högskolan i Jönköping.